Główny problem z zarządzaniem procesami stanowi brak właściciela procesów lub umiejscowienie go w nieodpowiednim obszarze organizacji. Praktyczna implementacja BPM często odbywa się z dużym trudem, co wynika z chęci zarządzania wszystkimi zidentyfikowanymi procesami. Zbyt dużo energii i czasu marnuje się na opisywanie, mierzenie i analizowanie procesów, które są ważne, ale nie dotyczą bezpośrednio istoty działalności biznesowej, czyli miejsca, gdzie powstaje najwięcej wartości dodanej w przedsiębiorstwie. Dużym problemem jest rozszerzenie już na wstępie podstawowej koncepcji zarządzania procesami o jej pochodne, które powinny być implementowane po osiągnięciu pewnego poziomu dojrzałości procesowej. Wtedy zazwyczaj zapomina się o tym, co jest celem nadrzędnym: o identyfikacji procesów i zarządzaniu nimi czy wdrożeniu systemu informatycznego. A przecież BPM to punkt wyjścia, dlatego pomiary procesów i ich analiza powinny decydować o wdrażaniu systemu informatycznego. Rzeczywistość często wygląda odwrotnie: chcemy wdrożyć system informatyczny, więc przy okazji opisujemy procesy, które ten system ma wspierać. Często procesy opisywane są przez konsultantów firm wdrażających w naszej organizacji system informatyczny, czego rezultatem jest dokumentacja przygotowana w notacji i narzędziu preferowanym prez dostawcę.